La tour aurait été initialement construite au XIIe siècle pour servir de phare et lorsque le seigneur Robert le Bar décide en 1450 d'en faire le clocher de l'église Saint-Eloi, il la fait relever à 58 mètres. En 1558, les français qui envahissent la ville brûlent l'église, seule la tour subsiste au milieu des ruines. Bien que la volonté des Dunkerquois soit de reconstruire un lieu de culte plus grand et plus beau que le précédent, les finances manquent...

L'église est reconstruite en 1591 mais elle n'est que symboliquement reliée au clocher par les vestiges et les ruines, seules quelques voûtes trahissent le lien physique sensé les unir.

A la fin du XVIIIe siècle, la tour est définitivement séparée de l'édifice cultuel lors des travaux menés par Victor Louis. Endommagé par les bombardements de la Seconde Guerre mondiale, le beffroi est réparé par les services des Monuments Historiques.

La loge du guetteur autrefois sur la terrasse disparaît et un nouveau carillon de quarante-huit cloches prend place dans l'édifice en 1962. Les travaux de restauration entrepris à la fin du siècle dernier lui donnent son aspect actuel. Clocher, tour de guet, amer, phare... les fonctions qu'on lui attribue sont multiples et cet édifice illustre parfaitement le débat autour de l'appellation "Beffroi" et de la multitude des situations. Devenu lieu de mémoire en 1923 lors de l'installation du cénotaphe en hommage aux victimes de la Première Guerre mondiale, le rez-de-chaussée accueille l'Office de Tourisme. Dans le cœur des Dunkerquois, cette tour est le véritable beffroi de la ville, c'est encore plus vrai lorsque les cloches égrainent la célèbre Cantate à Jean Bart qui fait s'agenouiller tous les carnavaleux.