Lors de son départ en croisade en 1188, Philippe d'Alsace, Comte de Flandre, confirme aux bourgeois d'Aire les privilèges reçus antérieurement, c'est la signature de la Charte de l'Amitié. C'est en 1355 qu'une lettre du Gouverneur d'Artois autorise la ville à faire sonner les cloches en cas d'incendie et pour les heures passées. Toutefois, il est probable qu'un beffroi existait déjà à cette époque. Les archives permettent de prouver l'existence d'une halle aux draps dès 1248, elle servait également aux réunions échevinales avant la construction d'un beffroi de bois. Ce n'est qu'en 1355 qu'un document atteste de la reconstruction d'une tour communale qui sera détruite dans un incendie en 1404. Si une lettre de 1425 nous apprend que les airois ont débuté la reconstruction des halles et du beffroi, les travaux ne sont achevés qu'en 1447. Peu de représentations de cet édifice existent, toutefois, une vue des albums de Croÿ permet de se faire une idée. La tour puissante avait des toitures d'ardoises bleues très pentues et des tourelles aux angles. 

Le beffroi s'effondre en 1708 en raison de son mauvais état et, en 1713, le traité d'Utrecht rend Aire au royaume de France : dès lors les échevins entreprennent des démarches à Versailles pour obtenir l'autorisation de reconstruire leur hôtel de ville. Celle-ci est accordée par Louis XIV en 1715 et la reconstruction de l'actuel beffroi commence sur des plans de l'architecte du roi Mathias Héroguel. Il sera achevé en 1724.

Depuis lors, le beffroi a subi quelques restaurations suite aux incendies de 1872 et 1914, mais sans altérer son aspect général. C'est à partir de cette date que la fonction de guetteur disparaît de la commune d'Aire-sur-la-Lys. En 2014 et 2015, le beffroi a fait l'objet de travaux de restauration important qui lui ont permis de retrouver son aspect initial. Ces travaux se sont accompagnés d'une nouvelle scénographie intérieure.